Con aspect a évolué au cours de l'histoire. Un des changements le plus important fut celui entrepris vers le nord par Abd Al Rahman III, l'étendant vers l'ancien minaret de Hisham I et l'ajout latéral vers l'est par Almanzor. Durant l'époque islamique il fonctionna comme lieux d'activités publiques (administration de justice, enseignement). Les arches de prière du patio étaient ouverts. Dans un premier temps, on dessina un patio avec portiques (les galeries commencèrent à se construire avec Abderraman I et se terminèrent avec Hisham I, qui construisit le minaret et la salle d'ablutions). Les cloîtres actuels, sont le fruit d'une remodélation totale menée dans les premières décades du XVI e siècle par l'évêque Martin Fernández de Angulo, sous la direction de l'architecte Hernán Ruíz I, Sous les orangers , un large canal assure les eaux nécessaire aux purifications musulmanes. Au XIII e siècle, il fut planté de palmiers et dès le XVe siècle on connait l'existence de la plantation des orangers.
